O Horto Escolar do Colégio Fayal iniciou em agosto de 2001. O Projeto surgiu a partir da iniciativa da EPAGRI de incentivar o cultivo de espécies arbóreas na escola e tem sido coordenado pelo Professor de Biologia.

Desde o seu surgimento o Horto Escolar do Colégio Fayal já produziu e distribuiu milhares mudas. As espécies cultivadas no Horto fazem parte da flora de árvores típicas da Mata Atlântica como o palmiteiro, canafístula, aroeira, cinamomo e capororoca. Espécies frutíferas também são cultivadas.

Cabe destacar que o Horto Escolar do Colégio Fayal, além de distribuir mudas de árvores, em especial na Semana do Meio Ambiente e no Dia da árvore, também desenvolve atividades de recuperação de áreas ambientalmente degradadas, como o Morro do Careca, na Praia dos Amores, recomposição da Mata Ciliar do Ribeirão Ariribá, na Praia Brava, e do Ribeirão Schneider.